기업들끼리 오염물질 배출 권한을 사고 파는 제도를 말한다. 오염활동 혹은 오염방지 활동에 대한 권리와 의무를 명확히 정의하고, 이에 대한 자율적 조정을 촉진하여 최소의 사회적 비용으로 적정한 환경을 유지하고자 고안된 재산권제도의 하나이다. 오염세(배출부과금)가 오염활동의 가격을 통제하여 보다 쾌적한 환경을 유지하고자 하는 정책수단이라면, 배출권거래제는 오염활동의 양을 직접 관리하는 정책수단이라고 할 수 있다. 배출권거래제도 하에서 오염물질의 배출절감 비용이 작게 소요되는 기업은 배출량을 더 삭감하는 대신 상대적으로 비용이 더 많이 소요되는 기업에게 배출권을 판매하여 이익을 얻을 수 있다. 이때 배출권의 거래가격은 배출권을 판매하는 기업의 추가적인 배출삭감 비용보다는 크고 배출권을 구매하는 기업이 절약하게 되는 삭감비용보다는 작은 수준에서 결정될 것이다. 결과적으로 전체 배출량은 증가하지 않으면서 양자가 모두 이익을 얻을 수 있다. 배출권거래제는 기업에만 적용되는 것이 아니라 온실가스 감축의무가 있는 국가간 배출권거래제가 가능하다. 지구 전체에서 배출되는 오염물질의 총량을 정한 다음 국가마다 일정한 양의 오염물질을 배출할 수 있는 권한을 주고 이 한도를 넘는 경우에는 정해진 양을 다 사용하지 못하는 국가로부터 배출권을 구매하도록 하고 있다. 이때 가격 및 거래량은 배출권의 수요와 공급에 의해 결정된다. 배출권 거래 형태로는 상계(netting), 상쇄(offset), 묶음(bundle), 예치(banking) 제도 등이 있다. 상계는 기업 전체의 배출량을 정해놓고 공장의 배출량을 조절해서 기업 전체의 배출량 순증가를 억제하는 제도다. 상쇄는 공장 내부의 조절뿐 아니라 다른 공장과의 거래를 통해서 배출량을 조절하는 것이다. 묶음은 몇 개의 그룹을 하나로 묶어 배출량을 정해서 배출총량을 조절하고, 예치는 연간 할당량 이하로 배출했을 때 그 차이를 내년 배출권에 더해주는 방식이다.