금융기관이 경영부실 등의 이유로 예금자의 예금인출요구에 응할 수 없을 경우 제3자인 예금보험기구가 예금을 지급함으로써 예금자를 보호하고 이를 통해 금융시장의 안정을 유지하고자 도입된 제도이다. 우리나라의 경우 금융기관이 예금보험공사에 예금보험료를 납부하고, 예금지급불능 시 예금보험공사가 고객에게 예금대지급을 주는 구조로 되어 있다. 보호대상 금융기관은 은행, 보험회사, 투자매매업자, 투자중개업자, 종합금융회사, 상호저축은행, 외국은행 국내지점, 농협, 수협중앙회도 포함된다. 보호한도는 원금과 소정의 이자를 합하여 1인당 최고 5천 만원까지 예금을 보호한다. 소정의 이자는 약정이자와 공사결정이자 중 적은 금액을 의미한다. 예금보험제도는 그 운영형태에 따라 크게 두 가지로 나뉜다. 보험사고가 발생할 경우 보험금을 지급하는 기능만을 담당하는 협의의 예금보험제도(Pay-Box)와 단순히 보험금을 지급하는 기능 외에 금융기관의 부실을 사전에 예방함으로써 보험 위험을 최소화하는 기능을 함께 담당하는 광의의 예금보험제도(risk-minimizer)로 구분된다. 그러나 예금보험제도는 다음과 같은 부작용이 있을 수도 있다. 첫째, 도덕적 해이(Moral Hazard)가 발생할 가능성이다. 예금보험이 예금자의 금융기관에 대한 경영감시 유인을 제거함으로써 뱅크런(bank-run) 발생가능성이 희박한 것을 아는 소유자 및 경영자가 고위험전략을 선호하며, 자본금 수준은 낮추고 적정 유동성 유지를 소홀히할 수 있다. 둘째, 예금자 또는 납세자의 이익을 위해야 할 감독자, 정치가들이 자신의 이해에 얽매임으로써 금융안전성을 해치고 예금보험기금 및 납세자에게 손실을 끼칠 수 있다. 셋째, 역선택(adverse selection)의 발생할 가능성이 있다. 고정보험료가 평균소요 비용을 기준으로 책정된다면 우량금융기관이 부실금융기관을 보조하는 결과를 초래하게 됨에 따라 우량금융기관은 보험탈퇴의 유인이 발생하고, 그 결과 부실금융기관만이 남아 보험료 인상이 필요해지는 악순환을 통해 예금보험제도가 붕괴되는 결과가 초래될 수 있다.